●第２展示室（２階）では、今出川キャンパスの発掘資料を中心とした「遺跡が語る京都の歴史」研究、窯業・漁業・製鉄・石製品加工などの生産遺跡 の研究、そして考古資料などの「モノ」に遺された文字資料や、文書に描かれた「モノ」資料をキーワードにした考古・民俗・文献などの歴史系諸科学をつなぐ 学際研究などの資料をテーマ別に展示しています。 （写真左：大阪府堺市大野寺土塔跡採集の文字瓦（奈良時代）
		（写真左：京都市公家屋敷二条家東辺地点出土の「永楽通寶」銘をもつ飾瓦片）
		○遺跡が語る京都の歴史 　 同志社大学今出川・新町キャンパスのある場所は、室町幕府がおかれた「花の御所」の隣接地にあたり、とくに中世後期以降は京都の中心地でした。 ここでは近年最も注目されている都市考古学の研究を基に、中世の活発な流通と日本の文化を代表する中世・近世の京文化を、日本国内はもとより遠く中国や朝 鮮半島から運ばれてきた様々な陶磁器を中心に展示しています。
		（写真左：京都市姥柳町遺跡（南蛮寺跡）出土の人物線画のある硯の裏面）

○生産遺跡の研究　 　 日本列島の歴史はこれまで稲をつくって生活をしていた人々を中心に語られてきましたが、近年は農耕以外を主な生業とした人々が古代・中世で大きな役割を果 たしていたことがわかってきました。ここでは窯址・製塩遺跡・漁労遺跡・製鉄遺跡出土および関連資料と、石器素材・石臼製作過程の資料を展示しています。 （写真右：大阪府和泉市濁り池窯址出土の須恵器）
○南山城総合研究 　 歴史資料館では、基幹となる研究として、京田辺キャンパスの位置する南山城地域の考古・民俗・仏教美術・歴史地理・古文書などをあわせた総合研究をおこなっており、それに関係する資料の展示もおこなっています。 （写真右：大阪府堺市四ツ池遺跡と堺市畑山窯採集の飯蛸壷（古墳時代中期）

●屋外展示 広大な京田辺キャンパス内には弥生時代以来の遺跡が各所に保存され、積極的に考古学関連の授業や博物館館園実習の場に活用されています。

	○田辺天神山遺跡 　 正門から南東へ丘陵を上がったところにある弥生時代後期の集落遺跡です。1968年に発掘調査がおこなわれ、広場を中心にして竪穴住居址のならんでいる様 子がわかりました。日常生活には不向きな高台で、木津川と普賢寺川の合流点を見下ろす位置にあることなど、争乱状態にあったとされる弥生時代後期の高地性 集落遺跡の特徴を示しています。
	○下司古墳群 　 デイヴィス記念館の南、テニスコートを見下ろす丘陵斜面の雑木林の中には、7世紀はじめから8世紀はじめまで築かれた大小8基の古墳があり、そのうちの5 基については横穴式石室をそのまま保存しています。古墳の配置と石室の規格に特徴があり、古墳時代終末期の地域社会を復原する基礎資料となっています。

○そのほか、下司古墳群に続く東の丘陵には、戦国時代の在地豪族の居館跡（都谷中世居館群）が点在し、土塁や濠跡が残っています。これらは中世におこった南山城の国一揆の様子をうかがわせます。

○なお、正門の裏山に筒城宮跡の碑があります。筒城宮は、最近新王朝の始祖として注目されている継体天皇の宮です。